교육부가 19일 오후 3시 교육행정 정보화 위원회를 소집해 NEIS에 대한 결정을 내리려 하자 강내희(진보네트워크센터), 이은우(변호사), 최현섭(교육개혁시민연대), 윤지희(참교육학부모회) 등 교육행정정보화위원회 위원 4인은 위원회 소집 전에 정보화 위원 사퇴 의사를 밝혔다. 또한 같은 시각 전교조측 위원도 기자회견을 갖고 사퇴의사를 밝혔다.

이들은 "교육부가 일방적으로 선임한 교육행정정보화위원회가, NEIS에 대한 자료검토도 없이 단 두 세시간의 회의로 3개월에 걸친 조사 끝에 내려진 국가인권위원회의 결정에 대하여 판단하는 것은 부적절하며, 교육행정정보화위원회 15명중에는 교육부 관료가 3명이나 포함되어 있어서 애초부터 공정한 결정이 내려지기를 기대할 수도 없는 상황"이라며 "안건 설명이나 참고자료도 사전에 배포된 것이 전혀 없는 상황에서 내려지는 결정은 졸속 결정을 피할 수 없다"고 밝혀 교육행정정보화 위원회의 편파성과 졸속 결정의 가능성이 도마 위에 올랐다.

이에 앞서 전국 시도교육위원협의회 소속 교육위원 24명도 19일 오후 2시 40분경 "교육행정 정보화 위원회"가 열리는 시간에 맞추어 서울 세종로 정부중앙청사 후문에서 기자회견을 갖고 인권위 결정 수용과 NEIS 관련 책임자의 문책을 강하게 요구했다. 이들은 교육위원의 관점에서 네이스에 대한 문제를 제기했다.

이들은 기자회견을 통해 "교육부 관료들은 행정 편의적인 이유나 기술적인 이유, 터무니없이 부풀려 계상된 CS유지비용, 수시모집을 위한 업무의 촉박함 등의 이유를 내세우면서, 교사들로 하여금 인권침해 우려가 있는 시스템을 사용할 것을 강요하려 하고 있다"면서 "교육부 관료들의 이러한 행태가 교육자들로 하여금 정보 인권 침해의 위험으로 제자들을 내모는 반 교육적인 범죄 행위를 하도록 사주, 강요하는 것이라고 규정하지 않을 수 없다"고 밝혔다.

시도 교육위원들은 또한 "NEIS의 3개 영역을 폐기하기로 결정한 후에 제기될 책임 공방이나 감사 또는 수사 과정에서 일부 정보 산업과의 유착 관계가 드러난 것에 대한 은폐 의도가 있다"며 "검찰은 NEIS사업과 관련한 정치권 인사 또는 교육부 관료들과 정보산업 사이에 유착이 있었다는 일부 언론의 보도와 세간의 의혹에 대해 전면 수사에 착수하라"고 주장했다.

시도 교육위원들의 기자회견이 끝나자 이어 62개 시민사회단체·정당이 국가인권위원회의 권고를 전면 수용할 것을 요구하는 기자회견을 개최했다. 이날 기자회견에서 전국민주중고등학생연합 박성기 씨는 "NEIS의 인권문제는 단순히 업무 과중이나 기타 이유만으로 감해줄 수 없으며 인권의 문제는 절대 양보할 수 없는 문제"라며 "우리는 단순히 NEIS의 보안 문제만 가지고 나선 것이 아니"라고 밝혔다. 62개 단체들은 "국민의 인권을 심각하게 침해 한다며 수정을 요구한 국가 인권위의 권고를 교육부가 거부하거나 선택적으로 수용한다면 우리의 교육은 바로 설수 없다"며 "부끄럽지 않은 교육을 위해서 교육부의 인권위 정책 권고안을 즉각 수용할 것을 촉구한다"고 밝혔다.