국가인권위는 이번 임시국회에서 통과될 예정인 비정규직 노동자 관련 2개 법안에 관하여 "노동인권 보호와 비정규직 차별을 실질적으로 해소하기에 충분하지 못하다"는 의견을 표명하였다.

국가인권위는 "비정규직 노동자들이 고용의 불안정과 심각한 차별 대우, 노동 3권 행사에서의 제약 등 노동인권에 있어서 심각한 훼손을 받고 있는 데 주목하고 정책검토를 해오던 중 정부가 2004년 11월 8일 국회에 제안한 비정규직 법안에 대하여 검토하였다"고 밝혔다. 검토 결과 인권위는 "비정규직 법률안으로는 이미 과반수에 달하는 비정규직의 규모를 축소하고, 불합리한 차별을 시정하며, 노동인권을 보호하기에는 충분하지 못하다고 판단하였다"고 주장했다.

또한 인권위는 '기간제 법안'에 대해서 "이 법안이 기간제 노동자 고용 남용과 보호를 실질적으로 보장하기 위해서는 기간제 노동자의 사용을 합리적인 사유가 있는 경우에 한하여 제한적으로 허용하도록 사유제한 규정을 둬야 한다"고 밝히고, "기간제 노동자의 사용이 허용되더라도 남용을 방지하기 위하여 사용기간을 제한하고 위반한 경우에는 기간의 정함이 없는 계약을 체결한 것으로 간주해야 한다"며 기간제 노동자들을 실제 보호할 수 있는 방식으로 법이 제정되어야 함을 강조하였다. 그리고 최소한 임금에 대한 차별적 기준을 없애기 위해서 "'동일가치노동 동일임금'규정을 명문화하여 객관적 기준을 마련해야 한다"고 주장하였다.

이어 인권위는 '파견법 개정안'에 대해서는 "개정안대로 파견대상 업부의 허용범위를 전면적으로 확대할 경우 파견근로 남용의 문제가 한층더 악화될 위험이 있다"고 보고 허용범위를 제한적으로 인정하는 포지티브 방식으로 규율할 것을 제안하였다.

파견노동에 대해서도 '동일가치노동 동일임금'을 명시하는 것이 원칙이며, 한시적으로는 파견 노동자의 임금을 사용사업주가 직접 고용한 노동자 임금의 일정 비율 이상으로 보장하도록 하거나 파견사업주의 노동자 파견의 대가를 일정 비율로 제한하는 방안을 적극 검토해 볼 것을 적극 제안하였다. 파견 노동자의 노동3권 보장과 관련해서는 "파견 노동자가 사용사업주를 상대로 단결권 및 단체교섭권을 실질적으로 행사할 수 있도록 해야 할 것이다"고 주장하였다.

이에 대해 민주노총은 성명을 내 “인권위의 권고안이 비정규직 문제해결에 대하여 핵심적이고 중요한 방향을 제시했다는 점에 주목하고 이를 환영한다”며 “국가인권위원회의 권고안이 비정규입법안 논의 과정에도 적극적으로 수용되어 비정규노동자의 진정한 보호와 권리보장을 제대로 된 법안이 마련되길 기대한다”고 밝혔다.

한편 노동부는 인권위의 의견 제시가 “노동시장의 현실을 무시한 견해”라고 반박하고 “노사정이 국회 등에서 논의를 하고 있는 상황에서 국가인권위원회에서 의견을 냄으로써 어느 한쪽을 편드는 결과를 낳을 수밖에 없다”고 비판했다.

재계 역시 인권위 의견 발표에 강하게 반발하고 나섰다. 한국경영자총연맹은 "비정규 법안과 관련 국가인권위원회가 의견을 발표하는 것은 월권행위"라며 "노동 문제를 인권이나 정치적 문제로 다루는 것은 매우 잘못된 일이고 인기 영합적 행동"이라고 강하게 비판했다.