19일 오전, 서울중앙지검은 검사 4명과 수사관 30여명을 내곡동 국정원 청사로 보내 전격적 압수수색을 실시했다. 18일 밤 압수수색 영장을 발부받은 검찰은 감청 주무부서인 과학보안국이 있던 곳, 도감청 장비가 마련됐던 곳, 국정원이 장비를 폐기했다고 주장하는 곳등에 대해 집중적으로 수색한 것으로 알려졌다.

그러나 국정원 측이 장비를 완전폐기했고 도감청 결과물은 출력이 불가할뿐더러 자동 삭제되는 컴퓨터에 담겨있었다고 계속 주장했기 때문에 검찰의 압수수색이 구체적 결과물을 가져올지는 미지수다.