세 정당은 소송을 제기하기 앞선 3일 오전, 헌법재판소 앞에서 기자회견을 열고 위헌소송을 알리는 기자회견을 열었다.
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정당법 44조 1항과 3항은 정당이 임기만료에 의한 국회의원선거에 참여하여 의석을 얻지 못하고 유효투표총수의 100분의 2이상을 득표하지 못한 때에는 당해 선거관리위원회가 지체 없이 등록을 취소하도록 하고 있다. 세 정당은 이것이 정당설립의 자유 침해, 결사의 자유 침해, 평등의 원칙을 위반하고 있다는 주장이다.
또한 현행 정당법은 등록이 취소된 날로부터 최초로 실시하는 임기만료에 의한 국회의원 선거일까지 같은 명칭을 정당명으로 사용할 수 없도록 규정하고 있다. 세 정당은 이 또한 목적의 정당성, 방법의 적정성, 피해의 최소성, 법익의 균형성 측면에서 과잉금지의 원칙에 반해 헌법 제 8조에 의한 정당의 자유를 침해한다고 주장하고 있다.
이현주 녹색당 운영위원장은 “현행 정당법 하에서는 규모가 작은 정당은 큰 정당에 합쳐져야 생존 할 수 있다”면서 “책임 있는 정치를 위해서 지금의 정당법은 바뀌어야 한다”고 주장했다. 그녀는 이어 “녹색당의 이름은 녹색당이 실현하고 싶은 가치를 그대로 담고 있음에도 정당법에 의해 다시 이름을 사용할 수 없게 됐다”고 말해 같은 정당 명칭을 사용할 수 없도록 하는 법 규정이 부당함을 주장했다.
안효상 진보신당 대표도 “현행 정당법은 국민들의 정치적 기본권을 박탈하고 정치에 진입장벽을 높여 정치개혁을 방해하고 있다”면서 정당법 독소조항의 개정을 촉구했다.
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정당법의 해당 조항은 80년 11월 전두환 정권의 국가보위입법회의에서 군소정당의 난립을 막기 위해 신설됐다. 그 뒤 89년 정당법개정에서당명 재사용 금지 부분이 삭제됐다가 2002년 부활했다. 그러나 조항이 부활한 이후 역대 총선 등록정당은 17대에 14개, 18대 15개, 19대 20개로 점점 그 수가 늘어나고 있어 법조항의 효과와 방법의 적정성에 회의적인 평가가 일고있다.
또한 낮은 득표율로 등록이 취소되고 등록 취소이후에 재창당하여 다음 선거에 참여할 때 같은 당명을 사용하지 못하는 것은 신생, 소규모 정당이 선거를 통해 정당의 인지도와 지지도를 높여 성장해갈 기회를 박탈하는 것이라는 지적도 있다.
일본의 경우 특별한 규정없이 정당을 설립하려는 사람들이 정치적 활동을 표명하고 등록을 하기만 하면 정당으로 인정받게 된다. 영국의 경우도 기존 정당과 같거나 혼동할 우려가 있는 경우만 아니라면 모든 경우에 설립이 가능하다.
세 정당은 이 같은 법 조항은 군사독재의 잔재이며, 신생 정당의 성장과 기성정치로의 유입을 막기 위한 목적으로 이용된다고 지적했다.
현재 정당 등록이 취소된 녹색당과 진보신당은 창당준비 위원회를 꾸려 재창당 과정을 밟고 있다.